L’eremo fu ceduto nel 1106 dal vescovo di Cagli al Monastero di Fonte Avallana. La Santa Sede accordò al vescovo un rescritto per demolirlo e ricostruirlo in luogo più comodo, ma il popolo si oppose scegliendo di mantenerla a proprie spese pur di non spostare il luogo di culto altrove. Il nome del santuario deriva da De acqua nera, forse per il colore cupo dell’acqua che sgorga poco sotto la chiesa. Custodita al suo interno, in una nicchia sopra l’altare maggiore, c’è una notevole statua in terracotta della Vergine con il bambino che fu voluta dall’abate Antonio Pini nel 1518 e realizzata da Antonio Duranti. All’interno del santuario è stato scoperto, durante i recenti restauri, uno scudo con i blasoni della famiglia Della Rovere. Si suppone che l’intera parete fu commissionata dal conte Giulio della Porta in occasione delle sue nozze (1577) con Francesca di Carpegna. Durante l’ultimo conflitto mondiale, alcuni partigiani trovarono rifugio in questa chiesa e la trasformarono in sede operativa per la pianificazione degli interventi a favore della liberazione del territorio. Nel 1972 la chiesa è stata restaurata assieme al fabbricato annesso. Nel 1999 sono state restaurate anche le stazioni della Via Crucis, con le immagini raffiguranti la passione di Gesù realizzate dagli alunni dell’Istituto d’Arte di Cagli. Ogni anno, l’8 settembre, in occasione della natività della Madonna, un folto gruppo di fedeli sale in processione fino al santuario percorrendo l’antico sentiero.

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